I finanziamenti a gestione indiretta si riferiscono, invece, ai fondi strutturali e d'investimento (fondi SIE) erogati nell'ambito dei Programmi operativi della Regione Toscana: Por Creo Fesr, Psr Feasr, Por Fse della programmazione 2014-2020 e della programmazione 2007-2013. Tra questi sono inclusi anche il Fondo europeo per la Pesca (Fep 2007-2013) e l'attuale Fondo europeo per la Pesca e gli Affari marittimi (Feamp-2014-2020) che fa riferimento ad un Programma operativo nazionale Po Feamp 2014-2020)
I fondi Sie hanno comuni strategie di programmazione regionale: la smart specialisation strategy e la strategia regionale per le aree interne
Il fondo Fesr finanzia anche la Cooperazione territoriale europea (programmi Interreg. ecc.):
